Η μοναδική μαρτυρία που υπάρχει για την Ύδρα στους Κλασικούς χρόνους είναι η αναφορά του Στέφανου του Βυζάντιου για έναν κωμωδιογράφο με το όνομα Ευάγης, ο οποίος κατοικούσε στο νησί.
Δεν υπάρχουν πληροφορίες για την περίοδο της Ρωμαιοκρατίας και της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας στο νησί. Το γεγονός αυτό δημιούργησε αρχικά την εντύπωση ότι η Ύδρα παρέμενε ακατοίκητη στα Ρωμαϊκά και τα Βυζαντινά χρόνια. Όμως οι ανασκαφές στην Επισκοπή μαρτυρούν ότι η Ύδρα αυτή την εποχή κατοικείται.
Φαίνεται ότι εξαιτίας των συχνών πειρατικών επιδρομών ένας μεγάλος αριθμός από τους κατοίκους της είχε εγκαταλείψει το νησί, ενώ οι υπόλοιποι είχαν αποσυρθεί στο εσωτερικό του.