Στη μέση περίπου του λιμανιού βρίσκεται η Μονή της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, το "Μοναστήρι" όπως αποκαλείται η Μητρόπολη της Ύδρας, που χτίστηκε στα μέσα του 17ου αιώνα και θεωρείται ένα από τα αρχαιότερα μοναστήρια της Υδρας.

Στα χρόνια της Επανάστασης μάλιστα προσέφερε πολλά για τον Αγώνα της πατρίδας. Το καθολικό της μονής, όπου πολλές φορές συνάχθηκαν οι θρυλικοί ναυμάχοι για να ευχαριστήσουν την Παναγία, σήμερα αποτελεί τον ενοριακό ναό της Υδρας.

Το 1750 καταστράφηκε από σεισμό, αλλά ανοικοδομήθηκε μερικά χρόνια αργότερα με σχέδια Ενετών και Γενοβέζων αρχιτεκτόνων.

Πρόκειται για μια τρίκλιτη βασιλική με τρούλο, τα κλίτη της οποίας χωρίζονται μεταξύ τους με κιονοστοιχίες. Εντυπωσιακό είναι το μαρμάρινο τέμπλο καθώς και ο πλούσιος εσωτερικός διάκοσμος του Ναού, όπως επίσης τα δύο μαρμάρινα καμπαναριά της Μονής, το ένα εκ των οποίων διαθέτει ρολόι.

Το ναό κοσμεί χρυσός εξάφωτος πολυέλαιος, που κοσμείται με τις κεφαλές των Λουδοβίκων της Γαλλίας, τον οποίο όπως λέγεται, πήρε ο Παύλος Κουντουριώτης από τον πλοίαρχο Σαρκώση, που με τη σειρά του τον είχε πάρει από τις Βερσαλλίες.

Η Μονή υπήρξε παλαιότερα το κέντρο της θρησκευτικής ζωής του νησιού, τόπος λήψης σημαντικών αποφάσεων και στους χώρους της στεγάζεται σήμερα το Δημαρχείο και το Εκκλησιαστικό και Βυζαντινό μουσείο της Ύδρας.

Στο προαύλιο μπορείτε να δείτε προτομές του Λάζαρου Κουντουριώτη, του Ανδρέα Μιαούλη, του Βασιλέως Γεωργίου Α΄ και του Αντώνη Λιγνού, φιλοτεχνημένες από τον Δημήτρη Φιλιππότη.

Μπορείτε επίσης να δείτε τον τάφο του Λάζαρου Κουντουριώτη και το μνημείο πεσόντων στους Βαλκανικούς Πολέμους.

Το Εκκλησιαστικό Μουσείο «Άγιος Μακάριος Νοταράς» στεγάζεται στην δυτική πλευρά του μοναστηριακού συγκροτήματος στο χώρο των παλιών κελιών και λειτουργεί από το 1999.

Φυλάσσονται σε ειδικές προθήκες κειμήλια του μοναστηριού, αφιερώματα, ιερές εικόνες που ανάμεσά τους ξεχωρίζει η εικόνα της Παναγίας "Ρόδο Αμάραντο", που τοποθετείται χρονικά γύρω στα 1774,  άμφια, ιερά σκεύη, μουσικά χειρόγραφα, τούρκικα φιρμάνια, κ.α.

Υπάρχουν και κειμήλια από ιδιώτες όπως φορητές εικόνες του Αρχιμ.π. Αθανασίου Κουλούρα, προσωπικά αρχιερατικά αντικείμενα του μακαριστού Μητροπολίτου Ύδρας κυρού ΠΡΟΚΟΠΙΟΥ του Καραμάνου, τα οποία προσέφεραν οι ανηψιές του κ. Ελευθερία Σούλια και Μαρία Κουρουσοπούλου, προσωπικά αντικείμενα του μακαριστού Υδραίου Ιεράρχου, Μητροπολίτου Παροναξίας κυρού ΕΠΙΦΑΝΙΟΥ, δωρεά του ανηψιού του Γεωργίου Ε.Καλαφάτη, ως περίτεχνος Σταυρός ευλογίας, δωρεά Άννας Δημ.Πέρκιζα.

Τα εγκαίνια του Μουσείου τελέσθηκαν επισήμως στις 15-8-2005 υπό του Μακαριωτάτου Αρχιεπισκόπου Αθηνών κ.κ. ΧΡΙΣΤΟΔΟΥΛΟΥ.

Το Μουσείο λειτουργεί  από 1ης Απριλίου έως 15ης Νοεμβρίου εκτός Δευτέρας από τις 10 π.μ. έως 5 μ.μ.
Πληροφορίες στα τηλέφωνα 22980-54071.